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国家医保局将以往飞行检查中发现的主要问题概括为四大类：一是重复收费、超标准收费、分解项目收费，约占所有违法违规使用医保基金问题的36%；二是串换药品、医用耗材、诊疗项目和服务设施，约占17%；三是违反诊疗规范过度诊疗、过度检查，提供其他不必要的医药服务，约占14%；四是将不属于医保基金支付范围的医药费用纳入医保基金结算，约占14%。

针对定点医疗机构，2024年飞行检查重点查处五个方面：一是聚焦重症医学、麻醉、肺部肿瘤等领域，查处违法违规使用医保基金行为，重点查处欺诈骗保问题。二是聚焦心血管内科、骨科、血液净化、康复、医学影像、临床检验等以前年度已经重点检查并自查自纠的领域，检查是否按要求自查整改。三是针对“回头看”的定点医疗机构，重点关注以前年度检查发现的问题是否仍然存在，是否整改到位。四是聚焦药品耗材网采情况，重点关注公立医疗机构是否按规定在省级集中采购平台采购全部所需药品耗材。五是针对收治跨省异地就医患者，检查是否存在违法违规使用医保基金的行为。